Окраска железным гематоксилином используется для изучения структуры ядра, выявления границ клеток, деталей строения строения мышечных волокон:

срез перекрашивается основным (гематоксилин Гейденгайна) красителем, после чего под контролем микроскопа проводится отмывание избытка красителя до необходимого уровня;
все структуры приобретают коричневато-серый цвет.